梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。与此同时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦和朝仓音绮，也突然回到了初音岛。他们重新相聚，开始了新的生活。
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